继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：里兹·阿迈德 比尔·坎普 佩曼·莫阿迪 约翰·特托罗 普娜·贾甘纳坦 索菲亚·布莱克-德埃利亚 斯亚姆·M·拉斐 阿芙顿·威廉姆森 迈克尔·肯尼斯·威廉姆斯 珍妮·柏林 本·申克曼 格伦妮·海德利 阿玛拉·卡兰 陈大卫 保罗·斯帕克斯 雷金纳德·巴恩斯 罗德·贾马尔 达马尼·马西斯 纳比勒·埃卢比 杰夫·温科特 弗兰克·德·胡里奥 格伦·弗莱舍尔 西康·塞布罗 奇普·兹恩 尼古拉斯·J·科尔曼 约书亚·比顿 J·D·威廉姆斯 阿迪尔·艾哈迈德 穆罕默德·巴克里 马克斯·凯塞拉 乔·埃根德尔 丹尼尔·加迪
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演员：佐伊·莱文 布兰登·斯坎内尔 凯文·凯恩 米卡·斯托克 斯蒂芬妮·斯泰尔斯 达茜·卡尔登 查尔斯·古尔德 亚历克斯·赫特 西奥·斯托克曼 马修·威尔卡斯 杰德·埃利桑 加布里埃·瑞安 爱丽莎·阿弗拉斯 埃米·贝蒂娜 埃里克·贝瑞曼 马修·里施
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